Isu Strategis adalah kondisi atau hal yang harus diperhatikan atau dikedepankan dalam perencanaan pembangunan daerah karena dampaknya yang signifikan bagi daerah dengan karakteristik bersifat penting, mendasar, mendesak, berjangka panjang, dan menentukan tujuan penyelenggaraan pemerintahan daerah di masa yang akan datang. Analisis isu-isu strategis merupakan salah satu bagian terpenting dokumen RPJMD karena menjadi dasar utama visi dan misi pembangunan jangka menengah.

Beberapa prasyarat kondisional dalam RPJMD Isu Strategis adalah sebagai berikut:

• Isu-isu strategis daerah tertentu yang ada pada dokumen RPJMD yang sudah ditetapkan berdasarkan Peraturan Daerah yang sudah terbit;
• Permasalahan pembangunan daerah untuk dikaitkan dengan RPJMD Isu Strategis.

Berikut adalah prosedur operasional penggunaan aplikasi dalam proses pengisian ​​​​RPJMD Isu Strategis:

• Masuk ke Aplikasi sebagai Admin Bappeda;
• Pilih Modul RPJMD > Menu Isu Strategis, maka akan tampil list RPJMD Isu Strategis Pemerintah Daerah. Tampilan aplikasi sebagai berikut:
• Untuk menambahkan data RPJMD Isu Strategis, klik tombol pada toolbar di atas, maka akan ditampilkan form isian untuk tambah RPJMD Isu Strategis Pembangunan Daerah sebagai berikut:
• Pilihan Periode RPJMD dipilih dengan periode RPJMD 5 tahun berkenaan;
• Kolom No Isu Strategis diisi dengan nomor urut isu strategis pembangunan;
• Kolom Uraian Isu Strategis diisi dengan uraian isu strategis pembangunan jangka menengah daerah;
• Kolom Keterangan diisi dengan keterangan umum tentang isu strategis pembangunan;
• Pastikan semua isian data benar, kemudian tekan tombol penyimpanan data di toolbar atas untuk menyimpan data-data yang telah diisikan.

Selanjutnya RPJMD Isu Strategis dapat dikaitkan dengan Permasalahan Pembangunan. Pengisian formulir pada Aplikasi SIMRAL mengenai Keterkaitan RPJMD Isu Strategis dengan Permasalahan Pembangunan adalah mengaitkan isu strategis pembangunan daerah dengan permasalahan pembangunan yang sesuai. Berikut adalah langkah untuk pengisian formulir tersebut pada aplikasi:

• Klik Uraian Isu Strategis pada Halaman List RPJMD Isu Strategis Pembangunan Daerah, maka akan masuk ke Halaman Detail RPJMD Isu Strategis Pembangunan Daerah seperti tampilan berikut:
• Klik tombol di bagian bawah tampilan view Detail RPJMD Isu Strategis Pembangunan Daerah, maka akan ditampilkan form pengisian untuk tambah keterkaitan RPJMD Isu Strategis dengan Permasalahan Pembangunan sebagai berikut:
• Berikan tanda centang () pada Permasalahan Pembangunan yang akan dikaitkan dengan Isu Strategis;
• kemudian tekan tombol untuk menyimpan data keterkaitan.