Isu Strategis adalah kondisi atau hal yang harus diperhatikan atau dikedepankan dalam perencanaan pembangunan daerah karena dampaknya yang signifikan bagi daerah dengan karakteristik bersifat penting, mendasar, mendesak, berjangka panjang, dan menentukan tujuan penyelenggaraan pemerintahan daerah di masa yang akan datang. Analisis isu-isu strategis merupakan salah satu bagian terpenting dokumen RPJMD karena menjadi dasar utama visi dan misi pembangunan jangka menengah.
Beberapa prasyarat kondisional dalam RPJMD Isu Strategis adalah sebagai berikut:
Berikut adalah prosedur operasional penggunaan aplikasi dalam proses pengisian RPJMD Isu Strategis:
Selanjutnya RPJMD Isu Strategis dapat dikaitkan dengan Permasalahan Pembangunan. Pengisian formulir pada Aplikasi SIMRAL mengenai Keterkaitan RPJMD Isu Strategis dengan Permasalahan Pembangunan adalah mengaitkan isu strategis pembangunan daerah dengan permasalahan pembangunan yang sesuai. Berikut adalah langkah untuk pengisian formulir tersebut pada aplikasi: